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bwa mem比对结果出错,sam文件不能被samtools识别的因素之一

系统工具2024-06-11 阅读
Linux,全称GNU/Linux,是一种免费使用和自由传播的类UNIX操作系统,其内核由林纳斯·本纳第克特·托瓦兹于1991年10月5日首次发布,它主要受到Minix和Unix思想的启发,是一个基于POSIX的多用户、多任务、支持多线程和多CPU的操作系统。
开始接触ubuntu和生物信息分析,作为初学者,没有人带路,属于摸石头过河。
在用bwa mem比对的时候,遇到过几次sam文件不能被samtools识别,后来也不知道是什么原因就又识别了,所以也没在意,最近又遇到了,就尝试解决一下。
 
尝试了几次发现原因主要是bwa的安装问题,我用 apt-get install bwa安装bwa,可以使用nohup bwa mem进行比对,也可以被samtools识别。
因为ubuntu自带的bwa版本低一点,所以就重新下载,自己安装了一个,再次运行 nohup bwa mem的时候,sam文件中,第一行为:
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs
这样的sam文件是不能够被识别的,导致了不能进行下去了。
 
但是如果去掉nohup即可。
我后来采用的是建立sh文件,然后nohup 运行.sh文件,运行没问题。
 
总结如下,bwa mem比对结果错误,sam文件不能被samtools识别的原因之一是bwa安装的问题!

Linux是一套免费使用和自由传播的类Unix操作系统



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